【原创】靶向rna测序助力更多融合基因的发现-尊龙凯时

 融合基因是血液肿瘤常见的并具有重要临床意义的一组基因异常。从融合基因的发展历程来看（如图1）[1]，从1960年发现费城染色体到bcr-abl融合基因在慢粒患者中检出到90年代在急性早幼粒细胞白血病检出pml-rara。随着检测技术的不断发展，在血液肿瘤中检测出越来越多的融合基因，而这些融合基因的发现也是临床探索疾病发病机制及指导治疗的重要依据。除此之外，融合基因检测在部分实体肿瘤如软组织肉瘤等诊断分型中也凸显了重要的作用。本文将重点介绍靶向rna测序在融合基因检测中的应用。

 图1 融合基因的发展历程[1]

 1.融合基因的定义

 融合基因，顾名思义就是两个基因“融合”在一起。即由2个以上基因的编码区相连，置于相同序列的调控下构成的嵌合基因[2]（如图2）。

 图2 基因融合示意图[3]

  2.融合基因的检测方法比较

 目前常见的融合基因检测方法包括：荧光原位杂交技术（fish）、免疫组织化学（ihc）、pcr技术及二代测序技术（ngs）等[4]。其中，融合基因分子检测技术主要以pcr技术（荧光定量pcr（qpcr）、数字pcr（dpcr））和ngs技术（靶向rna测序、转录组测序）为主。

 基于pcr技术的融合基因筛查灵敏度高、特异性强，但覆盖融合基因种数不足100种，不能覆盖全部较常见的融合基因，并且也不能检测到新的融合基因。而基于ngs的融合基因检测项目可以弥补pcr项目的不足，能够检测到常见融合基因的同时，还可以发现一些新的或者未知的融合基因。就目前来看，转录组测序技术在临床应用如火如荼，在《中国复发难治性急性髓系白血病诊疗指南（2021年版）》[5]、《中国临床肿瘤学会（csco）恶性血液病诊疗指南2023-apl/all》[6]、《中国儿童急性早幼粒细胞白血病诊疗指南》[7]、《儿童血液系统疾病二代测序技术临床应用中国专家共识（2022）》[8]等都给出了相应的推荐。对于靶向rna测序而言，虽然检测的范围略逊于转录组测序，但是也比pcr的覆盖度更广，同时灵敏度也比转录组测序要更高一些，时效更短。几种主要的融合基因检测手段特点比较如图3所示。

 图3 融合基因常用分子检测技术比较

 3.靶向rna测序在血液肿瘤中的应用

 融合基因的筛查在血液肿瘤诊断分型[2,9]、预后判断[6,10-13]、指导治疗[10-13]及mrd监测[14]中都发挥了重要的作用。

 近期，有研究[15]通过分析rna融合测序（rna fusion sequencing，rna-fs）对241例儿童aml患者初始诊断的影响，由rna-fs、ccg或两种方法同时检测rrfgs在儿童aml患者（n = 241）中的分布与频率如图4所示，发现相比于传统细胞遗传学（classical cytogenetics，ccg）方法，rna-fs能够更深层次检测到风险相关融合基因（risk-relevant fusion genes，rrfgs），揭示基于panel的rna-fs这一新方法有望改善儿童aml恶性肿瘤的诊断。

 图4 由rna-fs、ccg或两种方法同时检测rrfgs在儿童aml患者（n = 241）中的分布与频率[15]

 此外，还有研究[16]通过高通量测序平台进行急性髓系白血病45基因突变组套和靶向rna融合基因检测，发现首例apl样aml存在lyn::linc01900 融合，同时并伴有tp53突变。该发现对于临床指导方案的调整也具有重要的作用。

 4.靶向rna测序在软组织肉瘤等实体肿瘤中的应用

 软组织肉瘤（soft tissue sarcomas，sts）是源于间叶组织的恶性肿瘤，约占成人恶性肿瘤的1%，儿童肿瘤的10%[16]。随着精准医学时代的到来，软组织肉瘤的诊断和治疗也进入了分子检测时代，特别是融合基因的检测[17]。由染色体异位产生的融合基因在不同类型或亚型软组织肉瘤中具有特异性的分布，通过融合基因检测可辅助软组织肉瘤的分类鉴别。

 目前《2023年csco软组织肉瘤诊疗指南》[18]、《2023年nccn骨肿瘤指南》[19]，《2022年版软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识》[20]等推荐ngs测序（或基因测序）用于肉瘤的辅助诊断。

 有研究[21]针对纳入的145例被临床被诊断为sts的患者组织ffpe样本，开展了rna panel、fish、sanger测序的对照研究。在rna panel准确性验证方面，该团队在48个人工合成dna和31个已知融合基因的样本（其中17个为cap的pt样本，14个经fish诊断）中进行rna panel性能验证发现，该panel准确度为98.73%，灵敏度和特异性分别为100%和93.33%。此外，在临床诊断功能评价方面，通过rna panel进行分析，40%（58/145）的sts病例出现基因融合（如图6所示）。研究表明与fish等检测方式相比，rna panel在检测融合基因方面的灵敏度和准确性有了实质性的提高，可补充诊断组织病理无法确定的sts亚型，对于提升sts整体诊疗水平具有积极意义。

 图6 不同的sts亚型发生融合的分类图[20]

 5.总结

 近些年，ngs技术的飞速发展为各类疾病的诊断带来了便利。融合基因作为最常见的一组基因异常，对于疾病的诊断分型、预后分层、指导治疗及mrd监测等各方面意义重大。靶向rna测序技术依托于高通量测序技术，针对不同的靶基因设计相关探针，定向检测捕获的靶基因之间的融合情况，可显著提高融合基因检出率，助力疾病的精准诊断。目前，荻硕贝肯基于ngs平台已开展了转录组测序（rna-seq）、靶向rna测序（血液肿瘤1000种融合panel、血液肿瘤2000种融合panel以及儿童实体肿瘤2000种融合panel），欢迎有临床检测需求的老师与我们联系，我们将竭诚为您提供快速、准确的检测服务。

 参考文献

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